حضور ناتو در افغانستان از دو بعد اساسی برای امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران تهدیدآمیز بوده و توجه به آن ضروری به نظر می‏رسد، اول اقدامات آن در تقابل با جمهوری اسلامی ایران که در این راستا می‏توان به نقش و نفوذ آمریکا در این پیمان، تضاد هویّتی ناتو با هویّت ایرانی-اسلامی، اقدامات فرهنگی در تقابل با جمهوری اسلامی ایران و جهان اسلام، تهدیدات سیاسی، نظامی و... اشاره کرد. بر این اساس نفس حضور ناتو در همسایگی و همجواری جمهوری اسلامی ایران، تهدیدزا و چالش‌برانگیز است. بُعد دوم به عملکرد و اقدامات ناتو در افغانستان می‌پردازد؛ نتیجه‏ی این اقدامات نیز به گونه‏ای پیش می‏رود که پیامدهای آن امنیت ایران را با تهدید مواجه می‏کند. در این زمینه نیز مسائلی نظیر بی‏ثباتی، ناامنی و نا‏آرامی، افزایش کشت و تولید مواد مخدر، فراهم شدن زمینه‏ی احیای مجدد طالبان، تهاجم فرهنگی غرب علیه بنیان‏های اندیشه‏ی دینی و اسلامی، تبلیغ و تلاش برای تحمیل لیبرال دموکراسی و... مورد توجه است.این تحقیق که از نوع کاربردی است با روش «موردی زمینه‏ای» موضوع را مورد مطالعه قرار داده و به این نتیجه منتهی شده که حضور گسترده‏ی ناتو در کشورهای همسایه‏ی ایران در کنار ماهیت جدید تهاجمی آن در سایه شکل‏گیری نیروهای واکنش سریع، ترویج لیبرال دموکراسی و تحرکات و اقدامات سیاسی رهبران این پیمان بر علیه نظام جمهوری اسلامی ایران، تهدیدهای جدی در زمینه‏های سیاسی، فرهنگی، اقتصادی، نظامی و امنیتی برای ما به دنبال خواهد داشت.