انعقاد پیمان امنیتی- نظامی ترکیه و اسرائیل در فوریهی 1996 نقطهی عطفی در همکاریهای راهبردی دو کشور محسوب میشود. مفاد مندرج در این پیمان برای ترکیه قائل به اهداف سیاسی- اقتصادی و برای اسرائیل قائل به اهداف سیاسی- امنیتی است. از عوامل تکوین اتحاد ترکیه و اسرائیل، تبعات فروپاشی شوروی و اِعمال برتریجویی و نفوذ در آسیای مرکزی و قفقاز میباشد. در این راستا ترکیه در صدد برآمد تا با ایجاد جبههی تُرک در منطقه و تقویت همگرایی بین جمهوریهای تُرک زبان منطقه، پا جا پای روسیه بگذارد، ولی از آنجا که این کشور با مشکلات ساختاری و محدودیتهای اساسی مواجه بود، با سیاستهای اسرائیل در منطقه که دارای پتانسیلهای بالایی در فناوری کشاورزی، صنعتی و نظامی میباشد، همسو شده و حضور آن کشور را در منطقه مکمل فعالیتهای خود قلمداد نمود. در نتیجه این دو کشور به سمت همکاریهای گستردهی نظامی، سیاسی و اقتصادی حرکت کردند و به جهت منافع مشترکی که در خصوص نفوذ در منطقه و مقابله با منافع قدرتهای رقیب از جمله ایران و روسیه دارا بودند، به اتحاد با یکدیگر مبادرت ورزیدند. باوجود این، با روی کار آمدن حزب اسلامگرای عدالت و توسعه در سال 2002، روند این روابط نسبت به دو دههی اخیر تغییر مهمی داشته و آن اینکه، مسألهی فلسطین در شکلدهی روابط ترکیه و رژیم صهیونیستی نقشی اساسی یافته است. اولین نشانهی تنش در روابط دو کشور، در ناخشنودی ترکیه از اسرائیل پس از تجاوز این رژیم به نوار غزه در ژانویه سال 2009 در اجلاس جهانی داووس نمودار شد. در ادامه اقدام رژیم صهیونیستی در حمله به کشتی حامل کمکهای مردمی به غزه، باعث بزرگترین اختلاف و تنش در روابط این رژیم با ترکیه در ماههای اخیر شده و حتی خوشبینترین تحلیلگران را به این نتیجه رسانیده که روابط دو طرف چشمانداز چندان روشنی ندارد.